Auch auf dem Peipus See und dem Fluß Emajõgi verkehren regelmäßig Schiffe.
Sie können Tallinn von Stockholm aus mit dem Schiff auf einer 14stündigen Fahrt erreichen oder von Helsinki aus innerhalb von 4 Stunden.
Für Eilige gibt es im Sommer die Möglichkeit, binnen 90 Minuten mit Tragflügelbooten von Helsinki nach Tallinn zu gelangen.
